В Рипере правый щелчок по куску таймкода, Source properties... - там можно задать значение с которого начинается таймкод. Не 00:00:00:00, а например 01:00:00:00 для первого трека. Для второго трека установить 02:00:00:00. И так далее.
А в Санлайте тоже добавить нужное количество часов к меткам всех сцен в соответствующем цикле. Единственное, не знаю можно ли в Санлайте запустить одновременно несколько циклов.

Спасибо Вам огромное!!!