В родной операционке Ipodа нет автопаузы.
Есть альтернативная операционка с кучей новых фич
http://www.rockbox.org/
Самая главная фича - исходники. Можно дописать что угодно. Я нашел место, где можно дописать этот режим, но пока не доходят руки сделать всё до конца.