BadMike,
Была у меня похожая проблемка. Когда в Винампе звучал файл с частотой 44,1 и одновременно, на другом канале я прослушивал файл с частотой 48 кГц (или наоборот). Вопрос решил при помощи установки флажка "только 44,1" в настройках микшера звуковой карты.
