Skysoull, если на разных компьютерах - нужны MIDI интерфейсы на обеих сторонах, если на одном компьютере - сначала установите любой виртуальный MIDI кабель. В рипере создаёте новую дорожку под вашим аудио, вставляете туда MTC генератор, в настройках указываете вывод в ваш виртуальный кабель.
anthonymillerdesign.net/blog/reaper-ltcmtc-setup
В санлайте выбираете ваш виртуальный кабель в качестве источника MTC:
https://youtube.com/watch?v=8-wZ44YNLAs
для каждой сцены указываете время запуска по таймкоду.