Cubase не хочет переписывать проект при сохранении,
 

а выдает ошибку и сохраняет проект как другой новый файл, прибавляя к оригинальному названию число, например "project-01".
Если бы над одной песней работал, да и Бог с ним. А я свожу альбом и вся фигня меня сильно напрягает и сбивает...
Занет кто, как удалить эту ошибку?

namelesskiller,
это не баг, а фича. Cubase определяет, что проект глючный и для его спасения сохраняет под другим именем. Ищи глюк в проекте - его плагинах, инструментах, загруженности...