Не каждая программа корректно будет работать не с системного диска.
Посмотри вон, сколько людей маются со Стайлусом, устанавливая его на другой раздел... Ну не хочет он читать базу с других дисков, и всё тут. Переделывать всё - такой гимор...
Я установил на свежую систему только базовый комплект своих приборов (Стайлус туда входит). Лежит себе архив и лежит на бэкапном разделе.
А насчёт экспериментов - так есть простой и дешёвый способ экспериментировать, называется Восстановление системы
. Многие про него забывают, а ведь эта функция мне помогает в 95 процентах случаев.