Проще говоря, открыть проект, потом Save as...и сохранить его под другим именем. Например: был "Чебурашка", назвать "Чебурашка 2" и сохранить. При этом проект "Чебурашка" остаётся, естественно. Закрыть проект и Нюэнду. Потом опять запустить Нюню и открыть уже "Чебурашка 2". Возможно так расклинит, если проблема не слишком глубокая.